一、PCR仪器之间的差别对实验结果的影响。如前所述，没有任何两台PCR仪器的温度控制是一模一样的。相对于预设的温度模块温度总是偏高或偏低，就是同一模块不同的孔之间，温度有时也会不一样，相差可能达几摄氏度之多。一些PCR仪温度控制性能的不足造成的后果是：当PCR仪的模块温度在升温时，温度过冲或不足，不能准确的达到预设的平台温度。
二、温度控制技术的差别对实验结果的影响。导致PCR仪温度控制性能优劣的因素，首先是温度控制技术。调节PCR仪模块的温度，使其达到并保持在某一温度有很多方式。每一种方式都有优点和缺点。另外，这些技术被运用控制的水平对于温度控制的水准是很重要的，且有很大不同。大多数PCR仪器的温度控制性能是很差的。在单一或多传感器控制机制上的不同显而易见的引起了温度的不均一性。
三、仪器老化对实验结果的影响。虽然PCR仪没有任何的机械或可移动部件，但是那并不意味着它不会磨损。电子器件的性能会随着时间的延长而老化，并由于过度的使用而加速老化。Peltier器件的失效或磨损会引起模块的热斑或冷斑，通常PCR仪器不能识别这种由于机械磨损，模块延展和收缩效应引起的温控性能的不同。因此，为掌握这些情况，实时监测PCR仪的温度控制性能是重要的。出于同样的原因，PCR仪温控性能的失常通常是实验失败或毁坏循环反应的重要原因。
四、外部因素对实验结果的影响。不同PCR仪品牌与型号在温度控制性能上的不同直接影响了三种温度平台的温度的准确性和不均一性，因而影响了整个PCR反应的实验结果。另外，升温速度的不同，温度下降梯度的不均一性，温度过低，温度过冲，也是重要的因素。zui差的情况，一个本该阳性的结果却可能得出阴性的结果。对于实时PCR，荧光信号输出和产量/溶解曲线，直接与温度控制有关系，而这些结果很可能是戏剧性的。
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