高压灭菌器采用湿热灭菌法，在同样温度下，湿热的杀菌效果比干热好，有以下原因。
1、蛋白质凝固所需的温度与其含水量有关，含水量越大，发生凝固所需的温度越低。湿热灭菌时的菌体蛋白质可吸收水分，因而比在同一温度的干热空气中更易于凝固。
2、湿热灭菌过程中蒸汽放出大量潜热，进一步提高温度。在同一温度下，湿热灭菌所需时间比干热短。
3、湿热气体的穿透力比干热气体强，故湿热比干热收效好。高压蒸汽可以杀死一切微生物，甚至包括细菌的芽孢，真菌的孢子等耐高温的个体。灭菌的蒸汽温度随蒸汽压力增加而升高，通过增加蒸汽压力，灭菌时间可被大大缩短。因此它是一种较有效，使用较广泛的灭菌方法。
灭菌的先决条件是空气的*排放，空气需要100%的被高压蒸汽替代，只有这样才能保证有效的蒸汽灭菌及有效的湿度分布，残留空气不能有效帮助达到灭菌效果
蒸汽排放的两种方式：
蒸汽向上排放：这是一种传统的蒸汽排放方式，灭菌器底部加水，加热元件在底部，加热后蒸汽从下向上充满灭菌室并排空空气，但是在加热过程中，由于空气重力大，所以空气会下沉到底部，从而很难*排放空气。
蒸汽向下排放：通过独立蒸汽发生器产生蒸汽。这种方式蒸汽从上部注入，灭菌腔体内没有加热丝，蒸汽从上向下排放空气，空气从底部排出。通过多次通入蒸汽，这种方式可以保证空气被排放。
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