酶标仪通过控制电路控制机械驱动机构X方向和Y方向的运动来移动微孔板，从而实现自动进样检测过程。机械驱动机构和控制电路，从而使仪器更小巧，结构也很简单的。
酶标仪的单色光一部分被标本吸收，另一部分则透过标本照射到光电检测器上，模数转换等信号处理后送入微处理器进行数据处理和计算，zui后由显示器和打印机显示结果。于放置待测样本的透明塑料板，板上有多排大小均匀一致的小孔，孔内都包埋着相应的抗原或抗体，微孔板上每个小孔可盛放零点几毫升的溶液。
酶标仪的工作原理与主要结构和光电比色计基本相同，实际上就是一台变相的光电比色计或分光光度计，将这一待测标本不同而强弱不同的光信号转换成相应的电信号。常见规格有40孔板、55孔板、96孔板等多种，不同的仪器选用不同规格的孔板，对其可进行一孔一孔地检测或一排一排地检测。
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